1942年春，全党展开整风运动，但在后期发生了“抢救失足者运动”的错误。中共北方局专门把一些县委书记、团长政委等团以上干部召集到党校进行集中整风。1944年，北方局组织部部长李清玉根据康生在延安干部会上《抢救失足者》的动员要求，在北方局党校掀起了所谓的“抢救运动”，大搞“逼供信”，把一些干部错打成特务。当时主要是从冀鲁豫地区来的党校五队，竟有百分之七八十被打成特务和特务嫌疑人，学员的情绪很糟糕。吴老记得特清楚，一天晚上，军区所在地山东观城县（现为范县）上演《甲申300年祭》。在演出现场，有一支部队调不动，一问才知道是党校五队的，他们不少人都被说成是特务，憋了一肚子气。后来，邓小平得知“逼供信”的事情后，非常生气，质问搞“逼供信”的人：难道我们坚持抗战6年，都是特务在坚持？他坚决地予以纠正，亲自抓善后工作。有人向他请示所谓“特务”档案怎么办，“逼供信”的材料怎么处理？邓小平非常坚决地说，全烧掉！要明确地对大家讲，他们都是好同志，到战场上去接受考验吧。由于邓小平同志的大无畏精神和实事求是的作风，保护了一大批干部，使整风运动回到了正确的轨道。

    1947年9月，中央召开了全国土地会议，规定进行彻底的土地改革。时任太行山区党委书记的李雪峰（后为华北局书记）专程到大别山传达土地会议精神，刘伯承主持会议，吴同斌参加了这次会议。会议要求新区、老区一样贯彻执行。由于这个会议在保护中农利益上不明确，一切土地打乱重新分配，不仅地主、富农的土地被分掉，中农的利益也受到损害，有的地方逼迫老百姓这么干，还出现了杀人现象，结果把中农、富农和小地主也推到敌人那边去了。当时部队刚进入大别山不久，立足未稳，这种“左”的做法使大别山根据地矛盾重重。邓小平亲自深入各地调查研究，及时纠正了这种错误做法，向中央写了关于新区政策问题的报告，提出：一要维护中农利益；二要大中小地主和富农区别对待；三是新区不能按老区办法来执行政策。毛主席回电，表扬了这种做法。尔后，邓政委又起草了《贯彻执行中共中央关于土改和整党工作的指示》的文件，因印发时间是1948 年6月6日，史称“六六指示”。当时有的干部想不通，邓小平指示，把派到农村的干部集中起来，用一周的时间组织学习教育，扭转思想。那时，吴同斌也被派下去当武工队队长，思想上也曾有抵触情绪。他也参加了这次学习。吴老还清楚地记得，会上传达了邓政委的指示：我们执行政策，一是要看军事形势是否允许，二是要有一批干部骨干，三是群众得经过教育具有相当觉悟。邓政委还指示，要挨家挨户地做被搞错了的人家的工作，向他们解释，这不是中央的政策错了，而是我们自己没有搞好。邓小平同志唯实不唯上，及时制止“左”的指示和作风，对稳定新区，争取在大别山站稳脚跟，起到了决定性作用。

    1949年2月，党的七届二中全会提出把工作重点转入到城市。吴同斌所在的第二野战军进入重庆后，一度也把重点放在城市，结果当地农村的土匪就猖狂起来了。国民党撤退前埋藏下来的残余势力也四处活动，攻占乡镇县城，袭击交通要道，危害地方干部，粮食征集不上来，人员损失比较严重。根据这种情况，邓小平指出，必须先突出抓好农村，把工作重心放在剿匪反霸上，待条件成熟后再回城市来。随后他们决定把主要力量拉到农村去征粮、剿匪、反霸，发动群众，进行土地改革。吴同斌被派到土匪最猖獗的川东桐梓山参加剿匪斗争。事实证明，因为邓小平同志的决策符合实际，使局面很快得到控制。农村稳定后，才把工作重点转移到了城市。毛主席得知这个情况后，在电报中表扬道：这才是真正地贯彻了七届二中全会精神。