1、最根本的区别：牡丹是木本，芍药是草本。

　　牡丹是能长到2米高大的木本植物，到了冬季也会有部分枝干裸露在地面过冬。芍药是不高于1米的(宿根块茎)草本植物，每到冬天地面以上的枝干就枯死了，地下根茎部分逐年长大，年年发新芽。

　　2、从花期上看，牡丹三月开，芍药四五月开。

牡丹比芍药花期早。牡丹在暮春三月开花，芍药在春末夏初开花，故有“谷雨三朝看牡丹，立夏三照看芍药”之说。

　　3、从叶片上看，牡丹叶片上表面绿色中略带黄，无毛，下表面有白粉

　　4、从花型上看，牡丹的花都是独朵顶生，花型大；芍药的花则是一朵或数朵顶生并腋生，花型亦较牡丹略小。

　　PS：牡丹是花王（总统），芍药是花相（总理）。（果脯网）