1.灼伤根系。农家肥大多来源于动物粪便。这些有机肥未腐熟时其养分状态是缓效性的，不能被果树根系直接吸收和利用，如果将其施入，在地下腐熟过程中，易产生热量，造成根部灼伤(俗称“烧根”)，引发根腐病。

 　　2.营养释放与树体需肥不同步。秋季施入未经腐熟的有机肥，由于土壤温度低，在地下腐熟需要较长时间。第二年春季，树体需要大量的营养物质，而缓慢腐熟的有机肥所释放出的营养根本无法满足树体的需要。同时，在腐熟过程中微生物还会消耗掉一部分果树根系土壤中原有的营养元素(如氮肥)。这样在春季树体往往表现营养不良。而进入夏秋季后，雨量增加，地温快速上升，有机肥腐熟速度明显加快，释放出的有机营养物质增多。这样会导致树体生长加快，大量冒条，果实着色不良，营养生长过剩，花芽分化能力差。有人曾经对施入生粪的果园掘土调查，发现3年后仍有部分生粪处在原来状态。

　　3.招引地下越冬的害虫。未经腐熟的有机肥由于含有大量的动物性有机质，因而成为许多果树害虫的理想越冬场所，特别容易招引为害果树的金龟子(蛴螬)、桃小食心虫、尺蠖、舟形毛虫、梨花网蝽等，对虫害防治极为不利。